Erstmal: "Java" und "JavaScript" sind unterschiedliche Dinge. Weiterhin wird die von Unity verwendete Sprache zwar als JavaScript bezeichnet, es handelt sich dabei aber nicht um JavaScript, weshalb es von vielen als UnityScript bezeichnet wird.
Was spricht dagegen, die Komponente EventTrigger zu verwenden? Wenn man dort das Event "Pointer Enter" hinzufügt und in der Liste die aufzurufende Funktion angibt, dann sollte auch das passieren, was man haben möchte. (Man kann sogar direkt das Objekt angeben, welches verändert werden soll.)
Du solltest weiterhin niemals C# und UnityScript gemischt verwenden. Da es eine bestimmte Reihenfolge bei der Kompilierung gibt, kann man ggf. von den einen Scripten nicht auf die anderen Zugreifen, wie du bereits bemerkt hast. Es gibt zwar Workarounds, die darauf basieren, dass manche Verzeichnisse anders gehandhabt werden (bspw. das Plugin Verzeichnisse), allerdings sollte man nicht auf sowas zurückgreifen müssen.