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Interessant für Dich ist vielleicht das hier:
http://de.wikipedia.org/wiki/Halteproblem

Allerdings kann das Problem eventuell in gewissen Fällen praktisch lösbar sein für Deinen Zweck, aber woher entscheidet Deine Anwendung, ob ein Programm rechtmäßig auf 100% CPU ohne Reaktion läuft oder ob es sich aufgehängt hat?

Das mit dem 3mal alle 3 Sekunden prüfen... woher will man da wissen, dass das Programm nicht gerade hängt, weil z.B. WinRar eine große Datei entpackt - dabei (selbst bei Dual-Core) hängen sich viele Programme bei mir zeitweise auf, bzw. reagieren nicht (Minuten-lang manchmal, je nach File), weil der BUS durch WinRar komplett vereinnahmt wird. Klar, sowas sind definitiv Sonderfälle, aber das zeigt sehr gut, dass man von außen automatisch nur sehr schwer sagen kann, warum ein Programm nicht reagiert und ob sich das Programm aufgehängt hat oder nur durch andere Faktoren temporär blockiert ist.
Das gleiche Problem hat man bei jeder anderen Art der Überprüfung durch Status-Codes oder Rückmeldungen durch das observierte Programm selbst - es kann mal hängen durch äußere Faktoren, hat sich aber noch nicht aufgehängt.
Alle Situationen kann man damit also wohl nicht korrekt erkennen und die Detektierung wäre immer etwas übereifrig. Umsetzen ließe es sich unter dem Wissen dieses Problems natürlich trotzdem durch aktive Status-Codes/Rückmeldungen via Pipe oder local-network-connection.

Definitiv besser wäre meiner Meinung nach das Fixen des eigentlichen Problems, statt so einen dirty Hack rundrum zu bauen.

Könnte hilfreich sein: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms644952.aspx

Natürlich wärs trotzdem besser einfach vernünftige Software zu benutzen anstatt solche Hacks zu bauen