Objektmatrix speichern ist natürlich bequem und einfach. Die Frage ist, kann es sein, dass du jemals die Parameter ändern möchtest, mit denen du sie erstellt hast? Das könnte dann kniffelig werden.
Insgesamt glaube ich, dass man für gute Dateiformate (wie für alles andere auch) einfach etwas Erfahrung braucht. Probier es aus und guck ob es funktioniert. Du wirst dann ja selber feststellen, ob bispielsweise die Dateien zu groß sind, Laden/Speichern zu lange dauert, es einfach nicht flexibel ist und so weiter.
Wenn man sich allerdings nahe an die internen Darstellung der Daten hält, ist Laden/Speichern einfach zu implementieren, und ist realtiv effizient (du musst nix konvertieren, und wenn es in den RAM passte, kann die Größe auf der Festplatte ja kaum ein Problem sein). Andererseits ist es natürlich anfällig für Änderungen und der die Austauschbarkeit könnte schwer werden. Und es nervt halt, wenn man eine Klasse ein wenig ändert und all seine alten Levels und so wegschmeißen kann.