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zuerst solltest du wissen wie man mit dateien umgeht...
das geht unter C/C++ z.B. mit fopen() und seinen kumpels von der c libary, oder den stream klassen der STL oder einer anderen bibliothek deiner wahl (z.b. WinAPI usw., für file I/O gibts vermutlich 200k+ möglichkeiten...)

dann ist alles was du brauchst das

wie bereits gesagt: fopen(), fread(), fwrite(), fclose(),...

es wär vermutlich hilfreich die datei im binärmodus zu öffnen...

http://www.google.at/search?hl=de&q=c%2B%2B+file+io+tutorial&btnG=Suche&meta=

http://www.cplusplus.com/doc/tutorial/files.html
http://www.cprogramming.com/tutorial/lesson10.html
http://www.eng.cam.ac.uk/help/tpl/languages/C++/io.html
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http://www.google.at/search?hl=de&q=c+file+io+tutorial&btnG=Google-Suche&meta=

http://www.cprogramming.com/tutorial/cfileio.html
.
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und lass dich niemals von packing und alignment kriegen

wenn du eine variable vom typ int mit dem inhalt 1145258561 (0x44434241) binär in eine datei schreibst, dann kommt folgendes raus:

ABCD

weil, in der datei einfach nur die 4 bytes der zahl stehen und diese, wenn du die datei mit notepad öffnest, als buchstabencodes interpretiert werden...

machst du die datei in einem hex editor auf, dann steht dort:

41 42 43 44

warum verkehrt?
weil dein pc mit little endian arbeitet

Also erstmal stellt sich die Frage was du eigentlich gemacht hast

Da du dir die Dateien nicht wirklich ansehen kannst vermute ich mal das du sie mit einem Texteditor wie z.B. Notepad angesehen hast. Bei einem Texteditor handelt es sich ja auch wieder um ein Programm (wie das welches du schreiben willst) das eine Datei einliest, die eingelesenen Daten interpretiert und sie grafisch ausgibt.
In diesem Fall werden immer Blöcke mit 8 Bit länge (oder 16 bei Unicode) gelesen diese als zeichen interpretiert und ausgegeben. Wenn du also in deinemProgramm ein Zeichen speicherst wird es ein Texteditor genauso wiedergeben können. Bei Zahlen verhällt sich das anderst. Z.B. hat der Datentyp long 32 Bit und wenn du den mit einem Texteditor ausliest werden daraus 4 zeichen mit je 8 Bit länge. Die Zeichen kommen aus dem Zeichensatz den du verwendest. Es sind sogenannt Sonderzeichen. Beim Speichern der Zahlen kommen numal 4 Textzeichen raus. Das können Buchstaben sein, Zahlen, diese Zeichen oder auch ein zeilenumbruch usw..


EDIT: dot war wohl schneller