Puh, das klingt nach einem ziemlich überdimensionierten Projekt, auch unabhängig davon dass du bei den Grundlagen ziemliche Lücken hast. Ich werfe mal einen Vorschlag in den Raum. Lass das Spiel erst mal außen vor. Versuch doch vielleicht mal ein Login System für eine Webseite zu basteln. Sowas wirst du am Ende für dein Spiel ja vermutlich auch benötigen. Dann könntest du versuchen eine Art Dashboard für die Datenbank zu erstellen. Eine vereinfachte Version von dem was dir phpmyadmin liefert. Du zeigst vorhandene Tabellen einer Datenbank an, kannst diese auswählen, Datensätze anzeigen, neue Datensätze erstellen, vorhandene updaten und löschen. Im nächsten Schritt schreibst du die Übersicht der Datensätze so um dass neue Datensätze der Tabelle automatisch angezeigt werden, Änderungen in Datensätzen automatisch geupdated werden etc. Dafür kannst du dann zum Beispiel Ajax nutzen. Wenn dir die Dashboard Idee nicht gefällt kannst du dir an sich auch was anderes ausdenken. Aber versuch einfach mal etwas mehr mit HTML, JavaScript, PHP und Ajax zu machen. Alternativ kannst du einen Chat basteln, welchen du unter Umständen ja auch für dein Spiel gebrauchen kannst. Wenn das klappt setzt du dich dann noch mal hin und überlegst dir was du mit deinem Spiel machen möchtest.
Die Idee mit den Dateien die geschrieben werden ist übrigens nicht besser als die Datenbank sondern schlechter. Du musst dich selbst darum kümmern das ganze threadsicher zu gestalten und die Zugriffszeiten für die Festplatte sind auch nicht unbedingt bombig.
Allgemein würde ich sagen, möchtest du dich mehr mit den Sprachen vertraut machen dann such dir vielleicht besser erst mal ein einfacheres Projekt aus. Ich habe damals als erstes Projekt mit PHP ein Gästebuch geschrieben, das ganze mit einem Login versehen und danach zu einem sehr sehr simplen Forum weiter entwickelt. Das war schon eine heiden Arbeit und da war noch nichts mit Ajax, JavaScript und Co. Ich habe nur HTML und PHP benutzt. Überforder dich am Anfang nicht unnötig selbst.
Wenn es dir nicht in erster Linie darum geht dich mit den Sprachen vertraut zu machen sondern wirklich darum die Spielidee umzusetzen dann würde ich mir eine passende Gameengine suchen. Es gibt genügend JavaScript Engines und die bringen teilweise auch Komponenten für Multiplayerspiele mit.
Hier ist eine beispielhafte Liste.
Das sind natürlich nur Ratschläge. Du kannst natürlich so weiter machen wie bisher, kannst aber dann davon ausgehen dass da am Ende nicht viel bei rum kommen wird und sich schnell der Frust einstellt.
Viel Erfolg.