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Mal Tab gedrückt? Ich denke, dass es sich da eventuell um das Fokus-Highlight handelt.

Auch wenn du es bisher nicht gemacht hast, so gibt es dennoch einige Benutzer, die mit Tab zu den nächsten Eingabeelementen (bspw. zu anderen Buttons) springen. TabStop auf false zu setzen, würde heißen, dass das nicht mehr möglich ist. Besser wäre es also, wenn du es beibehalten würdest.
Und du solltest darauf achten, dass die Tabreihenfolge richtig ist, als auch dass das richtige Element standardmäßig fokussiert ist. Bei einem Dialog (zumindest sieht der Screenshot danach aus), sollte der OK-Button der Standard-Button sein.

Ich wäre auch dafür das Fokus-Highlight offensichtlicher als Highlight zu bauen statt Tabs komplett abzuschaffen.

Es mag zwar sein, dass für "intern" verwendete Programme (seien es Programme nur für sich selbst, oder nur für das eigene Team/Unternehmen) Usability weniger relevant ist, allerdings wäre es ebenso eine gute Übung, auch bei solchen auf eine gute Verwendbarkeit zu achten. Je eher man anfängt bzw. je häufiger man darauf achten, umso leichter fällt es einem dann bei Projekten, bei denen das relevant wird.

Ansonsten stimmt es natürlich, dass ein solches Programm in jedem Fall eine gute Übung für dich ist. Du könntest aber auch im Bereich Software Design schauen, ob du da ein paar neue Dinge probieren kannst. So zum Beispiel könntest du schauen, dass dein Programm bspw. MVC oder MVVM verwendet, sollte das noch nicht der Fall sein. Undo- und Redo-Funktionalitäten ließen sich mit Commands und 2 Stacks implementieren.
Das waren ein paar Beispiele, die mir spontan eingefallen sind. Für weitere Anregungen (ggf. auch durch andere Forenmitglieder) wären aber mehr Kenntnisse über das Programm und dessen Implementierung relevant.

Das kommt ganz darauf an, womit du das umsetzt.
In WPF beispielsweise würde man als Model eine Liste (bzw. einen Baum) von Einträgen haben, wobei jeder Eintrag deine Notizen darstellt (wenn ich deine Anforderungen richtig verstanden habe). Die Elemente des TreeView werden dabei (rekursiv) für die Einträge des Baums im Model definiert. Beim Auswählen eines Elements, wird dieses als "aktuell bearbeitetes Element" gespeichert. Die Textbox bearbeitet wiederum das aktuell bearbeitete Element, sofern ein solches vorhanden ist, und bekommt über DataBinding den Inhalt.
Mit anderen Frameworks sieht es im Wesentlichen genauso aus, nur dass alles, was in WPF automatisch über Bindings gemacht werden würde, händisch oder mit im Framework vorhandenen Mitteln erledigt werden muss.

Für die Speicherung kann XML verwendet werden, es könnten aber auch andere Formate, wie JSON, verwendet werden. Am einfachsten macht man es sich, wenn man eine Bibliothek verwendet, die die gesamte Serialisierung und Deserialisierung für einen übernimmt. Du kannst das Schreiben in die und Lesen aus den Dateien natürlich auch selbst übernehmen, bzw. dafür eine Bibliothek nehmen, die nur das Dateiformat selbst lesen und schreiben kann. Das wäre vielleicht eine gute Übung, aber auch mehr Aufwand.
Die Dateien, in denen deine Notizen gespeichert werden, werden dabei nur genau dann angefasst, wenn auch gespeichert oder gelesen werden soll. Ansonsten wird nur im Arbeitsspeicher gearbeitet. (Ich wollte darauf explizit hinweisen, da der letzte Satz ein wenig danach klang, als wolltest du permanent den Inhalt der Dateien auswerten.)