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Ich persönlich würde mit VS arbeiten und unter den anderen System ein entsprechendes build-Tool verwenden. Problem dabei ist die verschiedenen Compiler und deren C++ "Interpretationen" kompatibel zueinander zu halten.

Das kannst Du aber halten wie ein Dachdecker, nur nicht so schief. Du wirst hier von jedem andere Empfehlungen hören.

Auf jeden Fall solltest Du zusehen, dass Du OpenGL nach Möglichkeit nicht direkt ansprichst oder zumindest eine Bibliothek benutzt, die die Imports schon passend für Dich Plattform-unabhängig vorbereitet hat.

Die Frage ist wirklich unabhängig von OpenGL. Ich würde einfach bei VS bleiben, wenn du Windows als Hauptentwicklungplattform nutzen willst. Auf Linux verwende ich persönlich meist Code::Blocks. Auf dem Mac wirst du wohl sehr wahrscheinlich XCode verwenden wollen. Ich würde mich jedenfalls nicht zu sehr an die Idee klammern, dass man auf jeder Plattform die selbe IDE verwenden muss; oder überhaupt eine IDE...ich komm – zumindest was den PC betrifft – auf meinen Nebenplattformen so ca. 99% der Zeit ohne IDE aus. Was du auf jeder Plattform brauchst, ist ein Buildsystem...

Ich benutze CMake. Das ist ein Tool, das dir Projektdateien für die verschiedenen IDE's generieren kann und auch für dich Pfade zu Bibliotheken raussucht.
Man muss dafür CMake-Dateien schreiben was natürlich erstmal bedeutet, dass man sich da etwas reinarbeiten muss. Besonders bei etwas komplexeren Funktionen muss man da wirklich Zeit darein investieren. Aber wenn man mit mehreren IDEs evtl. auch unter mehreren Plattformen entwickeln will, ist es natürlich sehr fein.
Ansonsten kannst du auch einfach unter Windows VS weiter benutzen und für Linux dann halt ein Eclipse oder CodeBlocks Projekt erstellen. Dann musst du halt nur bei allen Änderungen mehrere Projektdateien pflegen.

Letztendlich ist die Entscheidung aber auch gar nicht soo wichtig, da du sie jederzeit wieder ändern kannst. Du musst halt bloß ein bisschen Zeit investieren. Und vielleicht darauf achten, keine Compilerspezifischen C++ Features zu benutzen.