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NetBeans würde ich zumindest mal anschauen, habe nur wenig mit C++ zu tun, aber wenn gefiel mir das in NetBeans immer ganz gut.

Neben Visual Studio fand ich das Ecplipse CDT am Besten. Ich habe allerdings auch immer mit selbstgeschriebenen bzw. von CMake generierten Makefiles gearbeitet, und da streiken viele IDEs schonmal wenn man nicht die eigens generierten Makefiles nutzt.

Also ich hatte bisher noch keine Probleme mit make für Windows(muss man halt installieren). Allerdings ist die reine Verwendung von make sicherlich kein Ersatz für eine IDE.
Es kommt halt darauf an, was genau du willst. Wenn du hauptsächlich ohnehin unter Linux programmierst, dann würde ich vorschlagen, dass du dir eine plattformunabhängige IDE wählst(Code::Blocks oder Eclipse) und diese einfach verwendet. Unter Windows ist Visual Studio zwar das non plus ultra, aber wenn du kaum unter Windows entwickelst, dann lohnt es sich auch nicht dafür extra CMake zu lernen. Da sollte es eine der vorgeschlagenen IDEs auch tun.

Bei Build-System-Integration ist NetBeans zumindest in Java IMO die beste mir bekannte IDE. Vielleicht ist das bei C++ ja auch so.

Bei VC ist nmake dabei, damit kannst du ganz analog zu Linux in der Kommandozeile Projekte kompilieren. Nur eine Make-Datei musst du eben auch erstmal haben. Die kann dir z.b. wieder CMake erstellen, aber ich kompiliere eigentlich alles immer über eine IDE.
Btw.: Gibt natürlich auch noch zu CMake eine Reihe an Alternativen...