Das, was du in Unity zur Laufzeit laden musst und nicht bereits vorher dem Projekt zufügen kannst, dürften nur die Informationen über die Spielumgebung sein. Die ganzen Modelle, Grafiken, Sounds usw. werden sich wahrscheinlich nicht zur Laufzeit ändern, also kannst du diese während der Entwicklung in dein Projekt importieren.
Unity bietet keine besonderen Hilfsmittel, die dir bei deinem Vorhaben übermäßig stark unter die Arme greifen (bspw. beim dynamischen Generieren des/der Meshes, die zur Darstellung der Welt verwendet werden). Allerdings ist das allgemein ein sehr spezielles Problem und, wenn überhaupt, könnten nur sehr spezialisierte Engines an dieser Stelle eine gute Unterstützung anbieten. (Und ich bezweifle, dass jemand eine Minecraft-like-"Voxel"-Engine bereits umgesetzt hat.)
Das heißt auch, dass du in jeder anderen Engine auch ähnliche Dinge selbst implementieren musst.
Da du noch nicht besonders viel Ahnung von Unity hast, wäre es vielleicht besser, wenn du erst noch ein paar Übungsprojekte umsetzt. Du kannst natürlich auch direkt mit deinem Minecraft-like-Game anfangen, nur dürfte so die Umsetzung länger dauern und dadurch könnte es wiederum schwieriger werden, am Ball zu bleiben.