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Das ist ganz allein Dir überlassen. Sinnvoll dürfte es sein entweder:

1) den Prototypen in einer Sprache/Engine zu entwerfen, mit der man am schnellsten zum Ergebnis kommt, damit aus dem Prototypen möglichst schnell der erste wichtige Spieleindruck erkennbar wird

oder

2) den Prototypen in der Sprache zu schreiben, die später ohnehin benutzt werden soll, damit man dort passend weiterarbeiten kann.

BlueCobold hat eigentlich schon alles geschrieben.

Allerdings möchte ich zu seinem 2. Punkt noch hinzufügen, dass es ggf. sinnvoll sein kann, auch eine andere Sprache oder ein anderes Framework für den Prototypen zu verwenden, sofern sich damit wesentlich schneller ein Prototyp erstellen lässt. Sollte dieser dann mehr Performance oder Speicher verbrauchen oder sollte die Entwicklung damit grundsätzlich nciht ganz so sauber sein, kann man dies für einen sehr schnell zusammengeklickten Prototypen in Kauf nehmen, da man mit diesem i. d. R. ersteinmal selbst ein Gefühl dafür bekommen will, ob das spätere Spiel überhaupt ein gutes Spielgefühl liefert. (Daraus folgt auch, dass der Prototyp keine besonders guten Grafiken und Sounds benötigt. )
Relevant für eine schnelle Entwicklungszeit sind diverse Eigenschaften der verwendeten Sprache, die Fähigkeiten der Entwickler, die Quelität der Entwicklungstools usw. Wenn man sich mit einer bestimmten Sprache nicht auskennt, sollte man nicht versuchen mit dieser einen Prototypen zu erstellen.

Wenn man aber keinen nennenswerten zeitlichen Vorteil mit einer anderen Sprache oder einem anderen Framework hat, dann gilt wieder, was BlueCobold in Punkt 2 geschrieben hat.

Guck dir doch mal Construct2 an. Damit lassen sich Spiele erstellen die du als HTML5 exportieren kannst. Möglicherweise kannst du ja direkt das Spiel damit bauen. Für Prototypen sollte es auf jeden Fall geeignet sein. Ansonsten vielleicht mal GameMaker angucken. Damit kannst du dir bis zu einem gewissen Punkt deine Spiele zusammenklicken. Irgendwann kann es dann aber nötig werden auch coden zu müssen. Ich denke bei einem Prototypen geht es erst mal darum schnell zu bauen und zu gucken ob es überhaupt funktioniert und passt wie man sich das vorstellt.
BCs Punkt2 hat natürlich auch seine Daseinsberechtigung. Da muss man dann für sich selbst entscheiden.