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Also die Punkte, die du genannt hast sind ja in etwa alle, die Sinn machen bei einem Sideview Shooter zu ändern.
Prinzipiell kann man ja praktisch den gesamten Inhalt und einen grossen Teil des Verhaltens dynamisch machen, was ja meistens sowieso passiert, damit man mit den Designer, Skripter usw. gut zusammen arbeiten kann.

Anderes Beispiel: Crysis 2 (oder so ziemlich jeglicher andere Shooter auch): Da könnte man z.B ein neues Monster machen (mit Blender, Maya, oder was auch immer) dazu natürlich die passenden Texturen, Animation und dann noch ein Verhaltensskript dazu und schon könnte man das in das Spiel integrieren. Und schon hat man komplett eine neue Einheit. Dazu noch Level mit eigenen Objekten, Quests und Zielen und schon ist das Spiel recht abgewandelt. Das ist aber auch in etwa der Workflow bei der Entwicklung des eigentlichen Spieles und wird von daher wahrscheinlich sowieso recht dynamisch sein.
Allerdings ist das wahrscheinlich nicht das, was man als Modder tun möchte. Da möchte man vielleicht lediglich das Aussehen eines bereits bestehenden Monster ein wenig verändern. Da dann gleich alles andere auch noch machen zu müssen wäre ein enormer Aufwand und es wird Tools geben (sofern das vorgesehen ist natürlich), mit denen das Spiel einfach angepasst werden kann.

Meiner Meinung nach sollte also ein modd-bares Spiel vor allem gute Tools liefern und nicht nur alles, was möglich ist offenbaren (was wie gesagt wahrscheinlich einiges einfacher wäre).
In deinem Fall wäre das vielleicht ein Tool, mit dem man das Verhalten des Lua Skriptes grafisch einstellen kann, anstatt alles selbst zu skripten.

Meiner Meinung nach ist das Spiel, für das man am besten modden kann TES IV: Oblivion.
Habe selbst einige Mods kreiert, hier auf meiner Website aufgelistet.
Dort kann kann man ALLES in JEDER Map / bzw. "Cell" verändern. Also gegenstände verschieben etc.
Man kann Rassen, Klassen, Sternzeichen verändern erstellen, dasselbe mit Quests, Waffen,
Rüstungen und anderen Gegenständen. Texturen / Meshes kann man ganz einfach editieren
und die Veränderung ist im Game selbst sofort sichtbar.

Allerdings ist Oblivion ein 3D Spiel, für einen 2D Sidescroller sollte ein Mapeditor
und Skripts für KI, Waffen, evtl. Quests genug sein. Und selbst dürfte schon ordentlich
schwer werden