Du kannst das manuell machen, indem du via
IDirect3DTexture9::LockRect() direkt auf diesen Pixelbereich zugreifst und die Bytes in eine neue Textur schreibst. Bei belieben, die alte dann löschen.
Ob es eine Funktion von Microsoft dafür gibt, weiß ich nicht - das wird google dir sicher auch verraten, wenn du mal nach "D3D9 Crop Texture" suchst oder so.
Wenn du die Textur direkt nach dem Laden beschneiden möchtest - warum machst du das nicht mit einem Bildbearbeitungsprogramm und lädst diese beschnittene dann?
Hinweis: DirectX9 und damit D3DX veraltet immer mehr. Noch mag es funktionieren (ich nehme an, du arbeitest auf Win 7). Sobald du aber auf Windows 8.1 umsteigst, wirst du keine Direct3D9-Debug-Runtime mehr zur Verfügung haben und D3DX nurnoch über das alte DirectX SDK beziehen können. Falls du da also längerfristige Anwendungen schreiben möchtest, wirst du so oder so eines Tages auf DirectX11 umsteigen müssen / wollen.