PhysX und Bullet haben sich über die Jahre behauptet und werden deshalb auch von jedem verwendet, auch von den Großen.
Du vergisst anscheinend
Havok Physics, welches auch eine wichtige Rolle spielt.
Die bereits genannten Kosten sind wahrscheinlich der wichtigste Punkt, allerdings macht es auch Sinn, dass die Entwicklung der Physik-Engines von Leuten betrieben wird, die sich damit ausreichend auskennen (also darauf spezialisiert sind). Meistens denkt man bei Physik zwar an Masse, Bewegung, Kollision und, wie oben, im Wind wehende Objekte, grundsätzlich gehören dazu aber auch verformbare Objekte und Flüssigkeiten, auch wenn diese in Spielen eher selten (in dieser Form) Anwendung finden.
Bei der Grafik kann es schon wieder ein wenig anders aussehen, weil die Grafik sehr wahrscheinlich am Performance-kritischsten ist und es daher Sinn machen kann, die Darstellung an besondere Gegenbenheiten der eigenen Engine anzupassen. Ein Beispiel wären dabei die
VisLeafs, in die die Level der Source-Engine eingeteilt werden. Anhand dieser "Räume" können relativ einfach objekte ausgeschlossen werden, die definitiv nicht sichtbar sind. Bei einer allgemeingültigen Engine könnte sehr wahrscheinlich nicht auf den Unterschied zwischen Levelgeometrie und anderen 3D-Objekten eingegangen werden, wodurch eine solche Optimierung unwahrscheinlicher wäre.
Abgesehen davon muss man auch betrachten, welche Alternativen es für die Engine-Entwickler im Gegensatz zu einer Eigenentwicklung bestehen und ob diese auch den Umfang an Features (vor allem wohl im Bereich Lichtberechnungen) unterstützen.