Um auf die Frage zu antworten, unabhängig von deinem Wissensstand:
Es kommt drauf an, wie du deine Vertices deformieren, bzw Geometrie manipulieren möchtest. Ich nehme an, dass es zwar zur Laufzeit seit soll, aber im Konkreteren geht es auf mehrere verschiedene Weisen - je nach Verwendungsart und Performance-Intention:
- Für Windeffekte bei Vegetation oder anderen physikalischen Simulationen (besonders Cloth- und Foliage-Simulation) empfiehlt sich ein Vertexshader, der mit entsprechenden Informationen (wie ein Windeinflussfaktor, Windrichtungsvektor oder Windareadefinitions)
- Für interaktive physikalische Simulationen kann man entweder Vertexshader, oder CPU-Berechnung nutzen (CPU-Manipulation von Vertex Buffern)
- Für Character-Animations wird ganz gerne auch der Vertexshader benutzt, aber bekannter dafür sind CPU-Manipulationen
- In Modell-Editoren wird häufig auschließlich CPU-Manipulation verwendet, da diese deutlich flexibler ist
- Eher selten werden Skalierungsmatrizen in die Transformationsmatrix mit eingerechnet. Dennoch kann das für die Manipulation des gesamten Objekts sinnvoll sein.
Das ist aber kein verbindliches Modell - nur das Resultat kurzzeitiger Überlegungen mithilfe meiner bescheidenen unberuflichen Erfahrungen. Dennoch kann ich sagen, dass es in der Spieleentwicklung sehr oft darum geht , aus vielen möglichen Techniken, möglichst passende auszuwählen und zu kombinieren. Somit liegt diese Aufgabe auch bei dir
Ich weiß jetzt nicht inwiefern dir das hilft, weil ich deinen Wissenstand nicht kenne. Falls du tatsächlich erst ganz am Anfang stehst, solltest du wirklich erst einfacher einsteigen und einfach mal alle 3 Techniken (Vertexshader, CPU-Manipulation, Transformation-Matrix) im einzelnen anzuschauen und auszuprobieren, bevor die sie in ein großes Vorhaben implementierst