Genau das war dein Problem. Du hast eben im Objectmode skaliert. Es ist eigentlich so gedacht, dass du dein Mesh ganz normal im Editmode erstellst und anpasst. Die Änderungen im Objectmode sind dann eher dafür gedacht, dein Mesh leicht an die Umgebung anzupassen, ohne dabei das Mesh selbst zu verändern. Zum Beispiel würdest du deinen Bus normal erstellen, später erstellst du vielleicht mal eine Straßenszene und möchtest dort den Bus einfügen. Du würdest den Bus hineinlinken und zum Beispiel seine Größe im Objectmode anpassen. Wenn du jetzt in einer weiteren Datei wieder den Bus einfügen möchtest, kannst du dort für die neue Szene die Skalierung anpassen. Selbiges gilt für Position und Rotation. An sich das selbe, als wenn du das in einem Spiel machst. Das Mesh ist das was du lädst. Die Veränderungen im Objectmode sind dann im Prinzip die Veränderungen innerhalb deines Spiels. Mal davon ausgegangen, dass du keine Meshdaten manipulierst
Versuch einfach möglichst beim bauen der Modelle immer im Editmode zu arbeiten es sei denn du hast einen guten Grund. Ansonsten mal im Toolshelf gucken, ob irgendwelche Werte bei Skalierung, Rotation, Position stehen. Danach immer überlegen, ob das so ok ist und gegebenenfalls Applyen.