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Wo genau liegt dein Problem? Auf jeden Vertex der Seite mit weniger Vertices kommen eben mehr als ein Vertex von der andren Seite...

Im Prinzip kannst du deine Indices einfach mit einem Bresenham-Algorithmus bestimmen, so mach ich das zumindest

Ok, vergiss das mit Bresenham erstmal, das funktioniert natürlich nur unter der Voraussetzung dass deine Vertices schön gleichverteilt sind, was bei mir der Fall war...

Wenn ich dich richtig verstanden hab willst du im Prinzip einfach einen Körper extrudieren. D.h. du hast zwei Flächen und willst die Kanten an den Rändern dieser Flächen mit Dreiecken verbinden. Ganz allgemein wird das gar nicht so einfach zu lösen sein, aber wenn du ein paar Annahmen treffen kannst wirds einfacher. Es wird z.B. mal hilfreich sein wenn die Vertices der Flächen z.B. im Uhrzeigersinn vorliegen und wenn wir von zusammenhängenden Flächen reden können, im Idealfall vielleicht sogar noch konvex. Du musst dann eben einfach deine Kanten durchlaufen und feststellen mit welcher Kante der anderen Fläche du verbinden musst. Z.B. indem du dir einen brauchbaren Punkt suchst (bei konkaven Flächen wird das im allgemeinen schwer werden) und die Winkel zwischen dem Vektor von diesem Punkt zum Vertex und einer Achse vergleichst oder sonstwas, da muss man sich eben was überlegen...

So wie ich das sehe brauchst Du nur den Querschnitt zu einem Polygon formen und dieses dann entlang der Achse extrudieren. Oder nicht?
Vom Prinzip her muss Dein Programm doch nur genau den gleichen Algorithmus durchlaufen, den ein Mensch beim Konstruieren der dargestellten Körper auch anwenden würde.

Na dann willkommen im komplexen Themengebiet der Herstellung von 3D-Geometrie aus 2D-Ansichten

Natürlich.