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So ganz ist mir dein Problem nicht klar. Skinning funktioniert auf der GPU genau gleich wie auf der CPU. Die grundlegende Idee dabei ist folgende: Du berechnest für jeden Bone in der Bindpose die Transformation in Object Koordinaten (Bindpose absolute). Die ergibt sich als Produkt der lokalen mit allen parent Transformationen (da es sich nur um Rotationen handelt können diese über Quaternionen abgebildet werden). Die Inverse davon transformiert eine Objectspace Koordinate (Vertex) zurück in das Koordinatensystem relativ zum jeweiligen Bone. Wenn sich ein Bone nun bewegt hat kannst du die neue Position eines Vertex nun berechnen aus seiner Position relativ zum Bone transformiert mit der neuen absoluten (Produkt der neuen lokalen mit allen neuen parent Transformationen). Diese Transformationen kannst du alle zusammen in eine einzelne Quaternion bzw. Matrix konkatenieren und das passiert immer auf der CPU. Hardware Skinning bedeutet nur dass du diese Quaternionen/Matritzen dann auf die GPU packst die im VertexShader eben die Position jedes Vertex mit den entsprechenden Transformationen berechnet, was natürlich exorbitant schneller is als das alles auf der CPU zu rechnen.

Naja, da du ja mehrere Bones gewichten willst kannst du nicht einfach die Transformation mit der Inversen vorberechnen. Aber das machst ja auch gar nix. Du kannst ja die Bindpose Objectspace Vertices in deinem VertexBuffer ablegen und einfach die Inverse Bindpose absolute noch auf die neue Transformation draufmultiplizieren und fertig!?

Ok, ich denk jetzt versteh ich dein Problem (hab mir mal das MD5 Format angeschaut). Spontan würd ich das so machen dass ich von einer fixen (maximalen) Anzahl an weights pro Vertex ausgehe. Wenn das z.B. 5 sind packst du einfach die 5 Positionen + Joint indices in jeden Vertex und fertig. Alternativ könntest du zuerst die Objectspace Position des Vertex für die Bindpose berechnen und dann einfach nur die verwenden, was natürlich evtl. zu nicht ganz korrekten Ergebnissen führt wenn ein Model diese Eigenheit des MD5 Formats irgendwie ausnutzt. Tbh kann ich da mangels Erfahrung mit MD5 nicht viel dazu sagen...

Wenn du nur einen Bone pro Vertex hast kannst du die Vertices schon relativ zu den Bones in den VertexBuffer packen (also Vertex * InverseBindPoseAbsolute). Für den Fall hätte man folgenden Ablauf (angenommen du rechnest mit Zeilenvektoren):

1. CPU Berechnet neue absolute Matrix für jeden Bone (JointTransform = Absolute)
   
2. GPU berechnet im VertexShader einfach

   	Quellcode
   1	Vertex * JointTransform[BoneIndex] * WorldViewProjection

   
   

Falls du mehrere Bones pro Vertex hast kannst du die Vertices nichtmehr einfach relativ zum Joint in den Buffer packen. In dem Fall tust du einfach ganz normal die Vertices wie sie sind im Objectspace in den Buffer und packst die InverseBindPoseAbsolute noch vorne auf jede JointTransform drauf, also so:

1. CPU Berechnet neue absolute Matrix für jeden Bone (JointTransform = InverseBindPoseAbsolute * Absolute)
   
2. GPU berechnet im VertexShader

   	Quellcode
   1	(Vertex * JointTransform[BoneIndex0] * Weight[BoneIndex0] + Vertex * JointTransform[BoneIndex1] * Weight[BoneIndex1] + ... ) * WorldViewProjection

   
   

Vermutlich weil die Matritzen in deiner Literatur für Spaltenvektoren gedacht sind, du aber mit Zeilenvektoren arbeitest, was genau dazu führt, dass die Multiplikationsreihenfolge sich umgekehrt.