Verständlich dass es erstmal für Verwirrung sorgt, wenn es heißt, dass die 32bit Dateien ausgerechnet in dem Ordner mit der 64 im Namen und die 64bit Dateien in dem Ordner mit der 32 liegen. Die Sache wird aber sehr schnell klar, wenn man sich mal anschaut, was das WOW vor der 64 eigentlich bedeutet:
Gleich vorweg: Das hat nichts mit Faulheit von Seiten von Microsoft zu tun. Im Gegenteil, Microsoft hat sehr viel Arbeit darin investiert, maximale Kompatibilität zu 32bit zu gewährleisten. So sehen 32bit Prozesse unter 64bit Windows z.B. eine virtualisierte Version der Registry, damit sie sich wie zu Hause fühlen können. Das Umbenennen des System-Ordners ist verglichen dazu wirklich trivial, meinst du nicht?
Das ganze Windows Ökosystem wie wir es heute kennen, wurde ursprünglich für 32bit Windows entwickelt und ist aus diesem Grund seit jeher unter dem Namen "Win32" bekannt. 64bit Windows entspricht dem selben Design wie 32bit Windows und stellt die selbe API etc. zur Verfügung. Natürlich wurde die API mit der Einführung von 64bit entsprechend erweitert und auf Binärebene hat man es eben mit 64bit Maschinencode zu tun. Aber am System an sich hat sich nichts geändert, es entspricht immer noch dem 32bit System. Daher finde ich die Bezeichnung System32 auch weiterhin gerechtfertigt.
64bit Windows enthält ein Subsystem mit dem Namen "Windows on Windows 64" (kurz WOW64), das die direkte Ausführung von 32bit Windows Programmen ermöglicht und unter anderem z.B. eine 32bit Implementierung der WinAPI bietet. Damit 32bit Programme laufen können, benötigen sie natürlich auch 32bit Versionen sämtlicher dlls etc.
System32 enthält darum weiterhin die Systemdateien, die auf einem 64bit Windows natürlich 64bit Dateien sind. Und SysWOW64 enthält die Systemdateien für die 32bit Windows on Windows 64 Ausführungsschicht, die natürlich 32bit sind. Eigentlich doch ganz logisch