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Binär in eine Datei schreiben. Dann brauchst du kein Trennzeichen und das ganze geht schneller.
Ansonsten ist es doch egal wie du speicherst.

Während der Entwicklung würde sich Xml anbieten.
Zur Speicherplatz- und Performanceoptimierung solltest du aber die Option offen lassen, später einfach auf Binärdaten umzusteigen.

wichtig sind hierbei deine Anforderungen an deine Maps
wenn sie immer relativ klein sind, dann kann eine Map auch "einfach so" in einer Datei liegen
wenn es allerdings Maps gibt, die riesig sind (beispielsweise weil die gesamte Oberwelt auf einmal enthalten ist), wirst du um Map Streaming wohl nicht drumrum kommen

die Geschwindigkeit beim Laden und Speichern dürfte wohl eher nebensächlich sein, sollte es einmalig sein (wenn also kein Streamen erforderlich ist)
ich habe mit meinen Maps in Python keine nennenswerten Probleme
die übertrieben große Map (80x50 Tiles auf 21 Ebenen, also 84000 Einzelwerte, die durch Kommas und Zeilenumbrüche getrennt sind), die ich mal zu Testzwecken angelegt hatte, benötigt geschätzt 1 Sekunde zum Laden (eine 20x15x3 große Map benötigt eine unmerkbar kurze Zeit)

sollte Interesse bestehen, kann ich die Ladezeit messen und die Werte hier schreiben


zusammengefasst:
am Anfang ist es quasi vollkommen egal, wie du die Maps ablegst, weshalb du dich nach den Anforderungen richten solltest
da du ja bereits einen Editor hast, steht einem Binärformat im Prinzip nichts im Wege
allerdings kann es während der Entwicklung dennoch immer mal wieder passieren, dass du Maps von Hand anpassen willst (außerhalb des Editors)