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Hmm also es könnte sich bei so vielen Karten lohnen. Vor allem die Pflege der Karten wird so einfacher.
Ich würde SQLite empfehlen, dann braucht der Spieler nichts zu installieren. Ansonsten ginge z.B. auch JSON, das kannst du aus einer Datenbank generieren (die dann nur bei dir liegt) und mit dem Spiel ausliefern.

Wenn es unbedingt eine Datenbank sein muss, würde ich eher eine Java-native Datenbank wie H2 (http://www.h2database.com/html/main.html) oder die im JDK mitgelieferte Apache Derby Datenbank (Java DB) nehmen. Für Netbeans + Java DB siehe http://wiki.netbeans.org/GetStartedwithJavaDB . MapDB ist vielleicht auch einen Blick wert (http://mapdb.org).

Überleg Dir gut ob Du das wirklich willst. Du musst für jede Karte ja eh mindestens eine Grafik pflegen und die liegt dann entweder als Binärblob in der DB oder im Dateisystem. Ersteres ist doof zum schnellen bearbeiten und sichten letzteres lässt Datenbank und Dateisystem auseinander divergieren. Ich bin mir nicht sicher, ob für die normalerweise eher statischen Karten wirklich eine Datenbank taugt.

Ich würde wirklich über CSV oder ein Spreadsheetformat nachdenken. Dafür gibt es schöne Editoren (zum Beispiel MS Excel) und man kann sogar mathematische Relationen zwischen den Karten festlegen und so das Balancing vielleicht etwas einfacher haben. Karte X soll immer doppelt so stark sein wie Karte Y. Wie DeKugelschieber schon sehr sinnvoll vorgeschlagen hat, muss diese Datei ja nicht beim Spieler landen.