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Programme werden nur mit den Rechten ausgeführt, die der ausführende Benutzer besitzt. Wenn du also nicht auf die Daten zugreifen kannst, können es auch die Programme nicht, die du ausführst. Eine Ausnahme sind dabei Programme, die explizit mit administrativen Berechtigungen ausgeführt werden, allerdings ist dies scheinbar nicht das, was du willst.
Du solltest also danach schauen, wie man ein Programm als anderer Benutzer starten kann. Wenn du die Programme so einrichten kannst, dass sie immer mit den Rechten eines anderen Benutzerkontos gestartet werden, dann kannst du diesem Benutzerkonto als einzigem Konto Zugriffsrechte einräumen und hättest den gewünschten Effekt. Wenn es reicht, die Programme automatisch bei Systemstart zu starten und du einen Weg findest, bei diesem Start bestimmte Rechte zuzuordnen, dann solltest du diesen Weg wohl präferieren, da du sonst dem Benutzer des Rechners die Möglichkeit gibst, den Explorer als ein berechtigter Benutzer zu starten und dann kann wieder ganz normal auf die Dateien zugegriffen werden.

Auch wenn deine Frage damit vielleicht schon beantwortet ist, kann es sein, dass dein eigentliches Ziel dennoch nicht erreicht ist. Wofür willst du den Zugriff auf diese Dateien derart einschränken? Was wäre zu erwarten, wenn auf die Dateien normal zugegriffen werden könnte? Vor wem willst du diese Dateien verstecken/schützen?
Wir können erst eine wirklich geeignete Antwort geben, wenn wir dein eigentliches Problem kennen und nicht nur den Lösungsweg, den du bisher für richtig hältst...

Das geht nicht. Programme sind keine User und laufen immer mit den Rechten des Users. System sind System-Prozesse. Dienste, Treiber, Kern-Systeme.