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In den Scripts! Einfach mal ausprobieren und einarbeiten.

Ja, in der Regel werden fast alle größeren Spiele heute mit solchen Engines programmiert. C++ kann man meist nicht nehmen (Bei Unity ganz sicher nicht, bei anderen Engines weiß ich es nicht genau).

Man könnte C++ Plugins verwenden, in der Pro Version. Ich seh darin aber großen keinen Vorteil für euch, weil 1. das meiste, was stark optimiert werden muss schon von der Unityengine erledigt wird und 2. man sehr viel Erfahrung brauch um die Performancevorteile von C++ nutzen zu können.
C# ist extrem effizient und sollte nicht unterschätzt werden. Besonders wenn man kein absoluter Profi in C++ ist.

Es war die Sprache für Spiele, weil sie vielseitig ist.
Diese Vielseitigkeit bringt dir nicht mehr viel weil Unity dir so viel abnimmt. Unity wurde, so weit ich weiß, teilweise in C++ entwickelt. Für Hobbyentwickler ist C++ langfristig keine gute Sprache. Zum Lernen bietet sie in meinen Augen einige Vorteile, ebenso für Projekte mit großen Teams(dort schadet es zumindest nicht jemanden zu haben, der C++ beherrscht). Den meisten Hobbyentwicklern würde ich für größere Spieleprojekte auf jeden Fall C# empfehlen und selbst für größere Teams mit erfahrenen Leuten ist C# eine sehr attraktive Sprache.

Für Prototypen und einfache Spiele reicht es ein paar Scripts zu schreiben und sie über den Inspektor zu "verlinken", bzw. nach den Objekten zu suchen.
Für komplexere Spiele, sollte man die Spiellogik möglichst unabhängig von Unity halten.
Man schreibt also eine Gruppe von Klassen, die die ganze Spiellogik berechnen und Unity möglichst indirekt steuern.