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Ich würde die Anzahl der erlaubten Antworten zumindest ein bisschen raufdrehen da wohl kaum jemand exklusiv mit nur einem einzigen Format arbeitet. Meine Antwort auf die Frage lautet jedenfalls definitiv: Das hängt davon ab. Außerdem vermisse ich .fbx und .ms3d und MD5

Mit ASSIMP lässt sich ein großer Teil der gelisteten Formate wunderbar laden, in ein direktes Abbild von Vertex- und Indexpuffern umwandeln und in einem entsprechenden "eigenen" kompakten Binärformat ablegen. Dieses kann dann mit wenigen Kopieroperationen in sehr kurzer Zeit von der Platte in den Hauptspeicher / VRAM geholt werden, und so ist entsprechend auch meine bevorzugte Vorgehensweise.

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Ich verwende das binäre Truespace Fileformat .cob (es gibt auch eine ASCII-Variante), weil das Programm selbst sehr gut ist und kostenlos, sehr detaillierte SDKs fürs Schreiben eigener Erweiterungen und Plugins existiert, das Fileformat ausführlich dokumentiert ist und viele nützliche Features hinsichtlich Spieleentwicklung und Animationshandling enthält wie das Ablegen von Scripten und Notizen zu den Objekten, frei definierbare LODs, usw.. Einen Loader dafür zu bauen war eigentlich sehr simpel - v.a. wenn man auf die Header im SDK zurück greift. Einziger bisheriger Nachteil, den ich fand war, daß die Normalen nicht mit gespeichert werden und es gibt noch mit den Normalmaps/Displacementmaps ein kleineres Problem das ich sicher bald gelöst habe. Es war aber nicht allzu schwer einen Normalengenerator für die unterschiedlichen Glättungstypen in den Loader mit einzustricken.

WIr benutzen Wavefront Obj für statische und für animierte Objekte, nun, da haben wir uns noch nicht entschieden. Geladen wird auch hier per Assimp, was wirklich bequem geht.

Meist XFiles - der Panda-Exporter für Maya und 3DSMax ist inzwischen richtig brauchbar. Ansonsten Collada, das kann alles und wird inzwischen halbwegs zuverlässig geladen. Für statische Sachen, die keine Bones oder Anims brauchen, benutze ich 3ds. Dafür gibt es in den meisten 3DModellern verlässliche eingebaute Exporter.

Geladen wird alles mit Assimp und in ein eigenes Format rausgeschrieben.

Recht viele haben ein eigenes Format im Einsatz. Es wäre mal interessant zu wissen, wieso man sich für ein eigenes Format entschieden hat und welche Vor-/Nachteile man dadurch hat. Vielleicht kann mal einer etwas dazu schreiben.

Also besonders bei Materialinformationen kann es schon naheliegend sein, ein Format zu entwickeln, dass genau das unterstützt, was die Engine nunmal kann.
Allerdings bin ich selbst ein Gegner von eigenen Formaten, den je mehr es davon gibt, desto unübersichtlicher wird das ganze. Es gibt ja schon für 2D Bilder eigentlich zu viele Formate aber das hat man mittlerweile ganz gut im Griff. Nur wenn jedes Computerspiel sein eigenes 3D Format erfindet, wird es wahnsinnig schwer, die irgendwie nochmal weiter benutzen zu können. Assimp kann zwar ne Menge laden, aber es gibt noch einiges mehr, was Assimp dann halt doch nicht kann.
Es ist halt immer schade, wenn man z.B. ein Spiel nicht modden kann, weil die 3D Modelle in irgend einem geheimen Format gespeichert sind.